مجیب خلوتگر، عضو کارگروه تحقیق در باره قتل فرخنده، در فیسبوک نوشته که دلیل مسکوت گذاشته شدن پرونده فرخنده ملکزاده، ترس اشرف غنی احمدزی، رییس جمهوری وقت، از مواجه شدن با ملاها بود.
آقای خلوتگر گفته که در نخستین جلسه مقدماتی کارگروه تحقیق در باره قتل فرخنده در ارگ ریاست جمهوری، اشرف غنی احمدزی، خطاب به اعضای کارگروه گفت که «با ملاها درنیفتید که تباه تان میکنند.» به گفته خلوتگر، این جمله غنی، مسیر تحقیق را مشخص کرد و در نهایت او گزارش کارگروه را جدی نگرفت و از اجرای توصیههای آن خودداری کرد.
مجیب خلوتگر نوشته است: «زمانی که زندهیاد فرخنده به شهادت رسید، حکومت محمد اشرف غنی تازه کار خود را آغاز کرده بود. فشارهای بینالمللی، که برای آقای غنی اهمیت ویژهای داشت، و نیز دادخواهیهای گستردهٔ مردم، حکومت را ناگزیر ساخت تا کارگروهی را برای بررسی این پرونده تشکیل دهد. این کارگروه با حضور مولوی محیالدین بلوچ، مشاور دینی رئیسجمهور، حجتالاسلام محققزاده، عضو شورای علما، خانم فوزیه کوفی و خانم شینکی کروخیل، نمایندگان مردم در مجلس نمایندگان، خانم شهلا فرید، استاد دانشگاه، آقای نجیبالله حیدری، نمایندهٔ دادستانی، و بنده، عبدالمجیب خلوتگر، به نمایندگی از رسانهها تشکیل شد.»
آقای خلوتگر افزوده است: «کارگروه فعالیت خود را با نشستی در یکی از کاخهای ارگ ریاست جمهوری و با حضور رئیسجمهور آغاز کرد. نخستین نشست بیشتر جنبهٔ تعارفی داشت، اما در همان جلسه محمد اشرف غنی توصیهای، یا بهعبارتی پیشنهادی، را مطرح کرد که هنوز در ذهن من باقی مانده است: «با ملاها درنیفتید که تباهتان خواهند کرد.»
خلوتگر در ادامه نوشته است: «پس از انجام بررسیها، کارگروه گزارشی را در قالب هشت مورد تحت عنوان «یافتههای پژوهش» و پنج مورد تحت عنوان «پیشنهادها» تهیه و در نشستی رسمی به رئیسجمهور ارائه کرد. در آن جلسه، یکی از اعضای کارگروه گزارش را قرائت نمود و آقای غنی نیز در چند مورد، از دیدگاه خود، به برخی نکات آن ایراد گرفت. یکی از این ایرادها این بود که چرا پس از لقب «مولوی» برای مشاور ایشان، از واژهٔ «صاحب» استفاده نشده است.»
این عضو کارگروه تحقیق در باره قتل فرخنده، میافزاید: «در جریان ارایه گزارش کاملاً آشکار بود که آقای غنی از نتیجهٔ کار ما رضایت ندارد. بیحوصلگی او در طول جلسه و تمایلش به پایان یافتن هرچه سریعتر گزارش و ترک نشست، این موضوع را بهخوبی نشان میداد… در جلسات مربوط به پروندهٔ فرخنده، بیش از هر زمان دیگری او را فردی فاقد شهامت سیاسی یافتم. در برابر خون دختری که به ناحق کشته شده بود، سخن او این بود که: «با ملاها درنیفتید که تباهتان خواهند کرد.»
مجیب خلوتگر با رد ادعاها در مورد پیگیری نشدن پرونده قتل فرخنده و متهم سازی جریانهای مختلف در این زمینه، تصریح کرده که عامل اصلی پیگیری نشدن، محافظه کاری اشرف غنی بود.
او افزوده است: «مردم افغانستان در آن زمان، با وجود همهٔ محدودیتها و فشارها، سکوت نکردند. آنان اعتراض کردند، دادخواهی کردند و حکومت را وادار ساختند تا کمیسیون حقیقتیاب تشکیل دهد. اما آنچه مانع تحقق عدالت شد، نه سکوت مردم، بلکه بیارادگی و محافظهکاری حکومت بود. این رئیسجمهور وقت بود که از رویارویی با جریانهای مذهبی هراس داشت و در نهایت نیز به پیشنهادهای کمیسیون توجهی نکرد.»
خلوتگر در پایان به نقل از یکی از نزدیکان اشرف غنی نوشته است: «گزارش کمیسیون پس از تحویل به رئیسجمهور، در اتاقی بایگانی شد که اسناد نامطلوب و خلاف میل ایشان در آن نگهداری میشد.»
فرخنده ملکزاده، زن ۲۷ ساله، در تاریخ ۲۸ حوت/اسفند ۱۳۹۳ توسط صدها تن از مردان مذهبی و خشمگین در کابل محکمه صحرایی شد و سپس پیکرش آتش زده شد.
ماجرا از آنجا آغاز شد که فرخنده با متولیان زیارت موسوم به شاه دوشمشیره به جدال لفظی پرداخت و آنان را به خرافات و فریب مردم متهم کرد. مردان مذهبی متولی زیارت با راهاندازی هیاهو فرخنده را متهم به سوزاندن قرآن کردند. با ایجاد سروصدا و پخش آوازه آتش زدن قرآن، صدا تن دیگر از اهالی شهر به سر فرخنده ریختند و با سنگ و چوب و وسایل دست داشته به او حمله کردند. فرخنده زیر آوار خشم مردان جاهل و مذهبی جان باخت و پیکرش آتش زده شد.
تحقیقات پولیس نشان داد که فرخنده قرآن را آتش نزده بود و مردم بر اساس تحریک متولیان زیارت شاه دوشمشیره بر فرخنده هجوم برده بودند.
پرونده قتل فرخنده به یکی از جنجالیترین پروندههای حقوق بشری در افغانستان مبدل شد. اشرف غنی ناچار به تشکیل کمیسیون حقیقتیاب شد اما طوری که مجیب خلوتگر یکی از اعضای کمیسیون میگوید، او ارادهای برای پیگیری پرونده و مجازات عاملین اصلی نداشت و دلیل این بیارادگی نیز ترس غنی از «ملاها» بوده است.