عباس عراقچی، وزیر امور خارجه جمهوری اسلامی ایران گفته که طالبان حقوق شیعیان افغانستان را رعایت نکرده‌اند.
طالبان محدودیت‌های زیادی بر شیعیان افغانستان وضع کرده‌اند. الغای قانونی که برای شیعیان اجازه می‌داد امور شخصی خود را براساس فقه جعفری تنظیم کنند، محدودیت در اجرای مراسم و مناسک مذهبی، جمع‌آوری کتب مذهبی شیعی از بازارها، محدود کردن دسترسی جریان‌های سیاسی شیعی در ساختار حکومت و…از مواردی است که طالبان در نسبت به شیعیان انجام دادند. منتقدان می‌گویند که ایران در روابط با طالبان حقوق شیعیان را نادیده گرفته است. با توجه به این امر، اظهارات اخیر آقای عراقچی می‌تواند اشاره به همین انتقادها داشته باشد.
عراقچی روز گذشته،(چهارشنبه، ۲۹ اسد/مرداد) در گفت‌وگو با خبرگزاری دولتی ایرنا در مورد برسمیت شناسی طالبان از سوی ایران گفته که کشورش تا
به‌رسمیت‌شناسی حکومت طالبان، فاصله دارد. طالبان از کشورهای منطقه پیوسته خواسته‌اند که رژیم این گروه را به عنوان حکومت رسمی افغانستان به رسمیت بشناسند اما کشورهای منطقه و جهان پیش‌شرط‌هایی را برای برسمیت شناسی طالبان مطرح کرده‌اند که این گروه آن را نمی‌پذیرد. یکی از پیش‌شرط‌ها مبارزه موثر طالبان با گروه‌های تروریستی فعال در افغانستان است.
وزیر امور خارجه ایران در باره وضعیت حق‌آبه‌ی ایران از رودخانه‌های افغانستان در زمان طالبان، گفته که هنوز وضعیت در سطح مورد انتظار نرسیده است.
روابط ایران و طالبان در چهار سال اخیر، فراز و فرودهای زیادی را تجربه کرده است. گرچه ایران رژیم طالبان را برسمیت نشناخته اما روابط گسترده دیپلماتیک با این گروه برقرار کرده و وزیر امور خارجه ایران از معدود وزرای خارجه در سطح منطقه و جهان بوده که به کابل سفر کرده است.
نزاع بر سر حق‌آبه، فعالیت گروه‌های تروریستی و جدایی طلب در افغانستان که ایران آنان را تهدید امنیتی برای خود می‌داند، قاچاق مواد مخدر و مهاجرت گسترده شهروندان افغانستان به ایران و اخراج اجباری آنان از سوی دولت ایران، از موضوعات متنازع‌فیه در رابطه طالبان و ایران بوده است.
با این بااین‌حال، ناظران می‌گویند که ایران با نگاه اقتصادی به افغانستان تحت کنترول طالبان تلاش کرده که حوزه روابط تجاری را گسترش دهد و از فرصت‌هایی که طالبان برای ایران در این حوزه مساعد می‌کند، بهره‌برداری نماید.
در همین حال، روابط ایران با مخالفان طالبان نیز برای طالبان مساله بوده است. ایران به شکل محدود و اعلام ناشده از مخالفان سیاسی و نظامی طالبان حمایت می‌کند و در کنار ترکیه و پاکستان تلاش کرده تا گزینه‌های بدیل در افغانستان را مورد توجه قرار دهد که برای طالبان این امر مایه ترس و نگرانی دانسته می‌شود.
