منابع محلی در ولایت شمال شرقی بدخشان می‌گویند که در روزهای اخیر تنش و اختلاف میان طالبان محلی و طالبان جنوبی در بدخشان به شدت افزایش یافته است.
دلیل این اختلاف‌ها رفتارهای زورگویانه طالبان جنوبی در برابر طالبان محلی و دعوا بر سر تصاحب منابع طبیعی بدخشان گفته شده است.
این تنش‌ها پس از آن بالا گرفت که روز گذشته شماری از فرماندهان محلی طالبان که گفته می‌شود رهبری آنان را صلاح‌الدین سالار و مولوی عبدالرب ارشد از فرماندهان بدخشانی طالبان به دست دارند، به قاری ایوب خالد والی این ولایت هشدار دادند که تا یک هفته دیگر بدخشان را ترک کند.
گفته می‌شود صلاح‌الدین سالار و مولوی عبدالرب ارشد، طالبان بدخشانی را به یک جلسه تصمیم‌گیری علیه قاری ایوب خالد والی طالبان در بدخشان، فراخوانده‌اند.
این در حالی است که امروز برخی از منابع صدایی را نشر کرده‌اند که گفته می‌شود مربوط به رییس دفتر والی طالبان در بدخشان است. در این نوار صوتی، رییس دفتر والی طالبان دستور والی را به مسوولین محلی ابلاغ می‌کند که در آن نسبت به برگزاری هرگونه نشست غیررسمی از سوی طالبان محلی هشدار داده شده است.
به گفته منابع آگاه در بدخشان، اختلاف‌ها میان طالبان بومی و جنوبی در چند ماه اخیر وجود داشته و صف‌بندی‌هایی به شکل پنهان صورت گرفته اما در روزهای اخیر و به ویژه پس از آن‌که طالبان جنوبی به دستور ملاهبت‌الله برنامه جمع‌آوری سلاح از بدخشان و محدود کردن صلاحیت‌های طالبان بدخشانی را روی دست گرفتند، تنش‌ها اوج گرفته است.
طالبان بدخشان نقش مهمی در سقوط این ولایت بدست طالبان داشتند و در اوایل برگشت طالبان به قدرت، تقریباً تمام اختیارات محلی در بدخشان بدست طالبان بدخشانی بود. اما به تدریج رهبری طالبان تلاش کرد تا صلاحیت‌ها و اختیارات طالبان بدخشانی را محدود کرده و در سمت‌های مهم این ولایت طالبان جنوبی و پشتون را جابجا کند. این امر زمینه نارضایتی طالبان بدخشانی را فراهم ساخته است. آنان فکر می‌کنند که اگر اقدامی برای حفاظت از خود انجام ندهند، با ادامه روند جابجایی‌ها، همه چیز خود را از دست خواهند داد.
نکته دیگری که به گفته منابع آگاه باعث برانگیخته شدن خشم طالبان بدخشانی در برابر طالبان جنوبی شده، تاراج منابع طبیعی از سوی شرکت‌های جنوبی متعلق به رهبران و مقام‌های طالبان است.
گزارش‌های متعددی در مورد تاراج معادن طلا در بدخشان بدست طالبان جنوبی به نشر رسیده است.
فعالین سیاسی و مدنی ولایت بدخشان در شبکه‌های اجتماعی این پرسش را مطرح کرده‌اند که چرا طالبان بدخشانی که نقش مهمی در سقوط ولایت شان به نفع طالبان جنوبی داشتند، اکنون نمی‌توانند از بدخشان و بدخشانیان دفاع کنند و همه چیز بدست جنوبی‌ها افتاده است؟